2004年9月2日至4日，在北京召开毒品量刑标准专家论证会，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家食品药品监督管理局有关负责同志，药理学、药物分析化学、麻醉学、精神病学等专家参加会议，就毒品认定、毒品范围、国家管制的主要麻醉药品和精神药品的药理学分类以及非法药物折算问题进行研究，并形成专家论证意见。

  　2006年4月13日至15日，在福建省厦门市召开新型毒品定罪量刑标准专家研讨会，国家禁毒委员会部分成员单位，江苏、广东、福建、黑龙江、福建、湖北等省的司法部门以及北京大学、北京军事医学科学院、北京医科大学、长沙中南大学医学院的代表和专家参加了会议，就新型毒品定罪量刑数量标准和毒品鉴定等问题进行了论证，并在征求毒物药物专家意见的基础上进行了完善。

  　同年8月29日，最高人民法院、最高人民检察院、公安部在最高人民法院召开座谈会，研究讨论了《关于办理二亚甲基安非他明、氯胺酮等毒品刑事案件及毒品鉴定工作的指导意见》。其后，经过反复沟通和协商，数易其稿，又增加补充了毒品案件管辖、主观明知的认定和死刑案件的含量鉴定问题。

  　2007年10月10日，最高人民法院、最高人民检察院、公安部在内蒙古自治区呼和浩特市召开了办理毒品犯罪案件适用法律若干问题座谈会，海关总署以及12个省市区公安厅禁毒局（总队）的负责同志参加会议，专门研究论证了《关于办理毒品犯罪案件适用法律若干问题的意见》（征求意见稿）。会后根据座谈会讨论意见，对部分内容和文字表述进行了修改完善，从而形成包括毒品案件管辖、主观明知的认定、氯胺酮等毒品案件定罪量刑数量标准和毒品死刑案件的含量鉴定四大部分的规范性意见。同年12月26日，最高人民法院、最高人民检察院、公安部以文件联合下发该《意见》，要求各省、自治区、直辖市高级人民法院、人民检察院、公安厅（局）结合本地、本部门实际认真贯彻执行。

  　在《意见》的起草、制定过程中，主要遵循和体现了以下指导思想：一是坚持原则性与灵活性相结合，既坚持刑法、刑事诉讼法的原则规定，针对司法实践需要迫切解决的问题，作出明确规定，突出其指导性、规范性和统一性，又考虑不同地区、不同案件的具体情况，适当作出一些灵活性规定，避免规定得过死而难以适应各地司法实践的需要。二是坚持有利于及时、准确查清犯罪事实，有利于保障刑事诉讼顺利进行，有利于保护犯罪嫌疑人、被告人诉讼权利的原则，进一步细化了有关规定，增强了可操作性，以确保及时、有效惩治毒品犯罪。三是从实际出发，既保持与刑事法律、禁毒行政法规和有关司法解释规定的协调一致，又注意总结近年来办理毒品案件的侦查、批捕、起诉和审判实践中的经验做法，切实解决目前迫切需要解决的疑难问题。对形成共识的予以规定，对目前争议较大的暂不规定。